Македонските реки се под постојан притисок од комунални и индустриски води, цврт отпад и други хемиски супстанци кои тешко се разградуваат и се таложат во водниот свет.
Интензивното градење на малите хидроелектрани, пак, целосно го уништуваат животот и течението на реките.
Инспекторатот за животна средина врши контрола на загадувањето со само еден инспектор, а некои од хидролошките станици на УХМР за контрола на водостојот и квалитетот на реките воопшто не работат. И покрај тоа, од Министерството за животна средина уверуваат дека концентрацијата на опасните и штетни материи во реките се во пропишаните граници.
